「運営会」は総会に次ぐ議決機関です。出席者は学級連絡係、役員、選考委員、校長先生、PTA 担当の教職員。PTA 活動報告、及び今後の活動内容の説明などをしています。校長先生や先生方からは、学校や子ども達の様子についての報告があります。また、保護者からは、学校への要望・意見等を伝える交流の場として重要な役割を担っています。

運営会で話し合われた内容は後日「運営会便り」として配布しています。