「運営会」は総会に次ぐ議決機関です。出席者は学級代表、学期連絡係、役員、選考委員長、校長先生、PTA 担当の教職員。PTA 活動報告、及び今後の活動内容の説明などをしています。校長先生や先生方から学校や子ども達の様子についての報告があります。また、保護者から、学校への要望・意見等、交流の場として重要な役割を担っています。

運営会で話し合われた内容は後日「運営会便り」として配布しています。